Oxford Nanopore lance son adaptateur Flongle qui permet des tests de séquençage d’ADN et d’ARN rapides et plus petits dans tous types d’environnement

Oxford Nanopore a pour objectif de faciliter à n’importe qui, n’importe où, l’analyse de toute entité vivante. Flongle est conçu pour se rapprocher de cet objectif et permettre un séquençage à moindre coût à tout moment. Grâce à son format compact, Flongle offre des possibilités de tests à la demande dans un grand éventail de lieux, des laboratoires scientifiques aux fermes et aux usines, en passant par les établissements de santé, les environnements extérieurs ou les salles de classe.

Flongle est un adaptateur destiné aux dispositifs de séquençage portables MinION et de bureau GridION X5. Il utilise la même technologie fondamentale de séquençage par nanopores que les autres dispositifs Oxford Nanopore, générant ainsi des données en temps réel, un séquençage direct et de séquences longues. Les petites cellules de séquençage (flow-cells) Flongle peuvent actuellement produire jusqu’à 1,8 gigaoctets de données de séquence avec une marge de plus de 3 gigaoctets. Cela permet de nombreux types d’expériences de séquençage, notamment le séquençage de petits génomes, le séquençage ciblé de panels de gènes et/ou de l’amplicon, la métagénomique pour l’identification de virus, de bactéries ou la caractérisation de microbiomes, ou encore l’identification des espèces. Il peut également être utilisé pour le contrôle de la qualité dans le cadre d’expériences avec de plus grands nanopores.

La cellule de séquençage coûtant 90 dollars, Flongle permet le séquençage à la demande à un prix abordable, sans qu’il y ait besoin d’attendre de grands lots d’échantillons qui sont souvent nécessaires pour obtenir de faibles coûts par test sur les dispositifs de séquençage traditionnels. Le flux de travail est rapide et simple, la préparation de la librarie ne prenant que dix minutes et l’analyse des données se faisant en temps réel.

Le Dr Matt Loose, de DeepSeq, École des sciences de la vie de l’université de Nottingham, a testé le dispositif Flongle dans le cadre d’un programme d’accès précoce. « Nous avons utilisé Flongle pour tester et mettre au point de nouveaux protocoles tels que la sélection CRISPR/Cas9 pour cibler certaines régions du génome humain, ainsi que pour élaborer de nouveaux échantillons avant de les utiliser à grande échelle sur PromethION. Nous avons été très satisfaits du débit et du rendement des cellules de séquençage en accès précoce et nous avons hâte d’intégrer Flongle, déjà prêt pour la production, dans nos flux de travail. Il va être vraiment intéressant de voir comment les utilisateurs appliquent Flongle sur le terrain. »

https://twitter.com/mattloose/status/1067115112220295168     

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Miten Jain, de l’université de Californie à Santa Cruz, a également testé Flongle : « Le séquençage qui s’appuie sur Flongle est le meilleur moyen de vérifier une librarie de nanopores. À l’université de Californie de Santa Cruz, nous séquençons désormais régulièrement des libraries d’ARN natif et d’ADN génomique sur une cellule de séquençage Flongle avant de les utiliser à grande échelle sur notre PromethION.  Nous avons observé que le séquençage qui s’appuie sur Flongle est un bon indicateur de la qualité de la librarie et de ses performances sur PromethION. Flongle permet également de réaliser des tests expérimentaux à une échelle plus abordable et fera partie intégrante de nos travaux futurs sur les nanopores ».

Le Dr Justin O’Grady œuvre dans la recherche translationnelle à l’université d’East Anglia, au Royaume-Uni. Il a développé des méthodes de recherche basées sur les nanopores, destinées à la caractérisation métagénomique rapide des agents pathogènes dans des échantillons cliniques de patients souffrant de pneumonie ou d’infections des voies urinaires. « Je suis très enthousiaste de voir la manière dont Flongle peut aider à identifier plus rapidement les agents pathogènes et la résistance aux agents antimicrobiens et dont des technologies de la sorte pourront être utilisées à l’avenir dans des environnements beaucoup plus proches des patients ».

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Les premiers lots de Flongle sont désormais disponibles en magasin. Ces lots initiaux incluent l’adaptateur Flongle et les utilisateurs peuvent choisir de les utiliser sur leurs dispositifs MinION ou GridION. Les utilisateurs pourront acheter des cellules de séquençage supplémentaires au prix de 90 dollars l’unité. Des protocoles sont disponibles et utilisent les kits de préparation actuels déjà compatibles avec MinION, GridION et PromethION.

Oxford Nanopore prend d’ores et déjà des précommandes pour le MinION Mk1C https://nanoporetech.com/products/minion-mk1c, qui allie le séquençage portable et en temps réel offert par MinION avec un calcul puissant et un écran tactile haute résolution. Ce dispositif sera compatible avec Flongle et permettra des analyses rapides sur le terrain. Des informations supplémentaires seront bientôt apportées.

Vidéo – https://mma.prnewswire.com/media/834428/Oxford_Nanopore_Flongle.mp4
Photo – https://mma.prnewswire.com/media/834426/Oxford_Nanopore_Flongle.jpg

Contact : Zoe McDougall, media@nanoporetech.com

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SOURCE Oxford Nanopore Technologies

https://www.prnewswire.com:443/news-releases/oxford-nanopore-lance-son-adaptateur-flongle-qui-permet-des-tests-de-sequencage-d-adn-et-d-arn-rapides-et-plus-petits-dans-tous-types-d-environnement-873086994.html

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